--- Создание миграций для модуля
1. в config.php доабвляем

return [
    'controllerMap' => [
        'migrate' => [
            'class' => \yii\console\controllers\MigrateController::class,
            'migrationPath' => __DIR__ . '/migrations',
        ],
    ],
];

2. /console/modules.php

'module' => [
    'class' => \thread\modules\module\Module::class,
],

3. создать миграцию

php yii module/migrate/create


--- Подключение миграций модуля к консоли

1. /console/main.php

'controllerMap' => [
    'migrate' => [
        'class' => \thread\app\console\controllers\MigrateController::class,
        'migrationPaths' => [
            '@thread/modules/module/migrations',
        ],
    ],
],

2. Запуск всех миграций

php yii migrate